受理畜禽水產養殖場動物檢體，進行病性鑑定工作，實施動物解剖、細菌與寄生蟲鑑定、組織病理及藥物敏感性試驗等檢驗，病毒性疾病則後送行政院農業委員會家畜衛生試驗所或動物疾病診斷中心確診，藉由正確的診斷病因，確實掌握疫情，並提供農民與動物防疫人員防疫對策及治療參考，以提高畜牧場自衛防疫及衛生水準，防止病原入侵，減少疾病發生，降低生產成本。強化動物疾病診斷技術，增進動物疾病防治管理能力，俾使各相關動物防疫人員或農民能迅速有效的進行動物疫情防治措施。
輔導養豬戶正確的使用豬瘟疫苗及落實畜牧場自衛防疫工作，避免疾病發生；進行血清抗體檢測，對抗體力價呈現異常的豬場，進行追蹤了解，協助業者找出原因並改善，以強化豬群抗體防護疾病能力。對於未落實豬瘟疫苗注射農戶，經調查屬實，則進行告發及處分。本所及鄉（鎮、市）公所動物防疫人員經常性逐戶進行疫情訪視，加強疾病防疫宣導，要求畜牧場自主管理，按月填報畜牧場衛生管理記錄，並落實疫情通報，如發現可疑疫情應於24小時內通報當地動物防疫機關，由本所啟動緊急防疫處理措施，以防範疾病擴散。
預防豬隻重要傳染病發生，輔導養豬戶進行豬日本腦炎（JE）及豬假性狂犬病（PR）等預防注射工作，協助養豬戶進行豬繁殖與呼吸綜合症（PRRS）、第二型豬環狀病毒（PCV2）、豬假性狂犬病及豬流行性感冒（SI）等傳染病檢測工作，對發生疫病之豬場，提供相關防疫對策。
調查及訪視轄區內水產動物養殖戶，除瞭解飼養狀況、整體疫情與用藥情形外，對於發病或異常的水產動物，以病史追蹤、病理解剖及病原微生物分離鑑定，伴隨水質分析檢測，檢驗水質之溫度、酸鹼度、溶氧量、鹽度、電導度、總氨、亞硝酸-氮與硝酸-氮之含量，探討確實之病因；並以藥物敏感性試驗結果提供業者正確有效的藥物使用，及建議養殖戶消毒與水質改善之對策。聘請水產動物專家學者，講授最新的水產動物疾病防治觀念，使養殖業者對水產動物疾病防疫與消毒用藥有正確認識；並寄送水產動物防疫簡訊，供水產動物防疫人員與養殖戶吸收新知。
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